NCCHUNKIE

Basisinformationen

Programm-Name

NCCHUNKIE

Version

August 2020

Beschreibung

Januar 2022

Stichworte

Datenkonversion
Postprocessor
Automatische Anpassung der READ-Daten-Portionen an Chunk-Größe
Automatische Berechnung der Chunk-Größen der Ergebnisvariablen für orthogonalen Datenzugriff
Parallelisierung (collective IO) mit MPI

Danksagung: This project took advantage of netCDF software developed by UCAR/Unidata (www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/).

Kurzbeschreibung

Das Programm NCCHUNKIE dient dem Chunken von cf-netcdf.nc Dateien:

1. Die Größe der Chunks wird automatisch berechnet, wobei alle Dimensionen gechunkt werden (Kompromiss für orthogonalen Datenzugriff);
2. Die erzeugten Chunk-Größen liegen dabei zwischen der Disc Block Size und der Chunk Buffer Size;
3. Die Daten der Ergebnisdatei werden Online komprimiert (niedrige Kompressionsstufe, Level 1);
4. Es wird eine Datei im netCDF-4-Format erzeugt (serielle Version NetCDF4 Classic Model Format);
5. Die Parameter Cache Size und Cache Nelems der netCDF-4 API werden automatisch ermittelt.

Falls beim Lesen von Daten ein HDF error auftritt wird versucht, die Werte des gewünschten Datenrecords aus den Werten zeitlich benachbarter Records zu rekonstruieren (Interpolation). Diese Reparatur funktioniert ausschließlich für von der Zeit abhängige Variablen.

Eingabe-Dateien

1. Es wird keine Eingabesteuerdatei benötigt (Parameter in Kommandozeile oder interaktive Eingabe);
2. UGRID CF NetCDF Daten (Dateityp cf-netcdf.nc).

Ausgabe-Dateien

1. UGRID CF NetCDF Daten (Dateityp cf-netcdf.nc);
2. Drucker-Ausgabe (Dateityp NCCHUNKIE.sdr) mit Informationen zum Programmablauf, Zeitaufwand für READ und WRITE, sowie erzielte Transferraten (MB/s);
3. Trace-Ausgabe (Dateityp NCCHUNKIE.trc)

Methode

Es wurde auf die in https://support.hdfgroup.org/pubs/papers/2008-06_netcdf4_perf_report.pdf beschriebenen Konzepte zurückgegriffen.

Vorlauf-Programme

DATACONVERT, GRIDCONVERT, NCANALYSE, NCAGGREGATE, NCCUTOUT, NCDELTA, NCDVAR, NetCDF Operators, UNTRIM2007, UNTRIM2

Nachlauf-Programme

NCANALYSE, NCAGGREGATE, NCCUTOUT, NCDELTA, NCDVAR, NCMERGE, NC2TABLE, NetCDF Operators

Weitere Informationen

Programmiersprache

Fortran95

zusätzliche Software

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Originalversion

G. Lang

Programmpflege

G. Lang, S. Spohr

Dokumentation/Literatur

• IZW-Campus (Podcast)
  • 2020-11-02: Chunking und NCCHUNKIE;
  • 2019-08-02: Anmerkungen zur Chunked I/O mit NetCDF-4 / HDF5.
• Musterdateien
  • Es sind keine Musterdateien vorhanden.

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Strukturübersicht