NetCDF Operators: Unterschied zwischen den Versionen

Version vom 9. Juni 2015, 13:39 Uhr

Über NCO

Der NCO "Werkzeugkasten" ermöglicht die Manipulation sowie Analyse von in NetCDF Dateiformaten abgelegten Daten. Darin eingeschlossen sind die Formate DAP, HDF4 und HDF5. NCO nutzt dabei die vielfältigen Möglichkeiten der CF (Climate & Forecast) Metadaten Konvention. Ebenso die flexible Beschreibung der physikalischen Einheiten basierend auf UDUNITS. Datenaustausch über das Netzwerk wird durch OPenDAP unterstützt. Die Art der Speicherung (z.B. Kompression, Chunking, Gruppenbildung) via HDF (Hierarchisches Dateiformat) kann in einfacher Weise beeinflusst werden. Viele leistungsfähige mathematische und statistische Methoden der GSL (GNU Scientific Library) stehen zur Verfügung. NCO ist schnell, mächtig, und frei verfügbar.

Für weitere Informationen siehe nco.sourceforge.net.

Typische Anwendungsfälle in der BAW

Verketten mehrerer nach NetCDF konvertierter boewrt.dat Dateien zu einer cf-netcdf.nc Datei

Originaldaten auf Richtigkeit und Vollständigkeit prüfen;
(optional) boewrt.dat mit ZEITRIO in äquidistante Zeitserien gleicher Schrittweite und Länge konvertieren;
Mehrere boewrt.dat mit DATACONVERT nach cf-netcdf.nc konvertieren (mit identischen Terminen);
Mit ncrcat können die konvertierten Dateien zu einer cf-netcdf.nc Datei zusammengefasst werden;
Typische Weiterverarbeitung: NCANALYSE;
Beispiel: ncrcat -h f1.nc f2.nc ... fn.nc result.nc (-h unterdrückt die Erzeugung bzw. Modifikation eines History-Attributs);
Mehr Information: ncrcat-netCDF-Record-Concatenator.

Verfügbarkeit in der BAW-DH

Stand 04.02.2015
NCO-Kommandos sind derzeit nur unter Windows auf Konsolenebene verfügbar.

Kochrezept zum Vorgehen unter Windows

Konsole im Datenverzeichnis öffnen, z.B. über TotalCommander:

 -> Befehle -> Kommandozeilenfenster öffnen

Suchpfad ergänzen:

 set PATH = %PATH%;\\kepheus\system\akprog\bin\win

Ausführliche Hilfe zum Kommando einholen, z.B.:

 ncrcat

Kommando mit Optionen, Dateinamen etc. ausführen:

 ncrcat -h file1.nc file2.nc result.nc

Durch Setzen der Option -h unterbindet man das Schreiben der Attribute history und nco_openmp_thread_number. Letzteres würde bei der Weiterverarbeitung mit Programmen wie NCDELTA stören. Wenn man auf die Option -h verzichtet, kann man nco_openmp_thread_number mit dem Tool ncatted entfernen.

Zitate

Die empfohlenen Zitate bei Verwendung der NCO Software sind:

Zender, C. S. (2008), Analysis of Self-describing Gridded Geoscience Data with netCDF Operators (NCO), Environ. Modell. Softw., 23(10), 1338-1342, doi:10.1016/j.envsoft.2008.03.004.
Zender, C. S. (2014), netCDF Operator (NCO) User Guide, Version 4.4.8, http://nco.sf.net/nco.pdf.

Das erste Zitat soll dann benutzt werden, wenn insbesondere auf Design, Zweck und Optimierung von NCO abgehoben wird. Das zweite soll dann verwendet werden, falls auf spezielle Eigenschaften der Software oder den User Guide selbst verwiesen wird.

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Strukturübersicht

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 * Kommando mit Optionen, Dateinamen etc. ausführen:
    ncrcat -h file1.nc file2.nc result.nc
+* Durch Setzen der Option -h unterbindet man das Schreiben der Attribute history und nco_openmp_thread_number. Letzteres würde bei der Weiterverarbeitung mit Programmen wie NCDELTA stören. Wenn  man auf die Option -h verzichtet, kann man nco_openmp_thread_number mit dem Tool ncatted entfernen.